Църквата „Св. София“ е приемник на старата Ортодоксална християнска църква и втората най-стара църква в столицата след „Св. Георги“. Построена е върху основите на няколко по-стари църкви от времето на Римския град Сердика, разрушени от набезите на Готи и Хуни. През II век на това мястото е имало Римски театър, през следващите векове са били издигани последователно няколко храма.
По времето на Второто българско царство (XII-XIV в.) тя придобива статуса на митрополитска църква и дава името си на града – София, което означава „мъдрост“.
През Османското владичество „Св. София“ е преустроена в джамия, стеонописите унищожени е заменени с минарета. Но след две земетресения през XIX, които разрушават едно от минаретата, джамията е изоставена. След Освобождението храмът е възстановен и връща статуса си на християнска църква.
Днес Църквата „Св. София” е една от най-значимите архитектурни ценности запазени от Ранното Християнство в Югоизточна Европа.
